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ごくまれですが採血後に手のしびれや痛みが残ることがあります。採血時に針が神経に触れることが原因となることもありますが、針が神経に触れなくても血管収縮などによって症状が出現する場合があります。ほとんどの場合には１週間程度で改善しますが、50万人に1人程度は「複合性局所疼痛症候群」といわれる慢性疼痛をきたすことがあります。また、血に弱い方は採血時に気分が悪くなることがあります。

レントゲン検査は被爆を伴います。レントゲン検査による被爆量は自然界で暴露する放射線量より少なく、人体への影響はほとんどないと考えられます。CT検査ではやや放射線量が多くなりますが、当院では低線量CT検査を行い、他の健診施設と同様被爆量の軽減をはかっています。

上部消化管内視鏡検査を通称「胃カメラ検査」といいます。検査部位は胃だけではなく、食道・胃・十二指腸の一部になります。喉や鼻の麻酔のための薬によって、非常にまれにショック状態（血圧低下、呼吸微弱、意識障害など）になることがあります。問診にて危険性をあらかじめチェックしますが、それでも完全に予期することは困難です。

MRI装置は強力な磁場を発生させますので、電子機器、磁性体に影響を与えます。 ペースメーカーや磁力調整式脳室-腹腔シャントなどが留置されているかた、人工内耳、磁性義歯、義眼が眼窩に磁石で保持されている方などは装置の不具合をきたします。旋盤事故などで眼球内に金属片が残っている場合、金属の移動によって眼球損傷をきたすことがあります。また、体内に金属がある方の場合、金属の発熱によって局所のやけどを生じることがあります。マスカラ、刺青・タトゥーなど金属を含む成分を有する部位は発火したりやけどを生じることがあります。マスカラは検査日にはつけないようにしてください。刺青・タトゥーを入れられている方は危険性と有益性を鑑み、人間ドックでのMRI検査を受けないようにしてください。

妊娠中には不要な検査や薬剤投与をさけることが必要です。人間ドック検査は緊急に受ける検査ではありませんので、できるだけ妊娠の可能性がある時期や妊娠中はさけていただくことが大切です。やむを得ず受ける場合にも、被爆や薬剤使用をさける必要がありますので、レントゲン検査、ＭＲＩ検査、ＣＴ検査、胃カメラ検査は受けられません。

血液検査や画像診断、心電図検査などは定期的な精度管理を行い、それぞれの項目別に十分な精度を確保しています。しかし、どの検査も検査装置の特性上診断能力には限界があり、100％異常なしということはできません。たとえば、肺ガンの発見に関して、通常の胸部レントゲン検査と胸部CT検査では診断能力に大きな違いがあります。レントゲンでは異常を指摘できなくてもCTでは容易に病変の指摘が可能であることはしばしば経験されます。また、通常明瞭に内蔵を描出できる超音波検査でも、肥満がある場合にはきわめて画像が不鮮明となり、病変の指摘能力が低下します。このように、器機による診断能力の差や、個人による検出感度の違いがあるため、まったく同じ場所に同じ大きさの癌があっても、受ける検査や個人の差によって診断率に差が生じる可能性があることをご理解頂く必要があります。また、検査を受ける時期によっての運・不運もある程度あります。癌などは徐々に大きくなるものですので、検査時には検出感度にぎりぎり足らずに発見できなかったけれど、2，3ヶ月後に検査すれば発見できた可能性があるといった場合です。
このように避けることのできない問題はありますが、それを可能な限り解消し、少しでも100％に近づけるよう努力し、情報提供を行っていくのがわれわれの使命だと考えています。そのために、常に利用者の皆様が身内であるという認識で診療にあたっております。最終的には、皆様にわれわれを信頼して頂くこと、われわれはそれにこたえて最大限の努力をすることによって形成される、人と人との良好な関係こそが人間ドックの本質であると考えております。